各ファイルの準備

　リガンドの挿入を行うためには、元となるリガンドの構造ファイルが必要となる。
　リガンドの構造ファイル(pdbファイル)は、各種分子モデルの情報サイト“HIC-Up”から入手するか、 既に目的のリガンドを含む構造が“Protein Data Bank”に登録されているならば、それをダウンロードしリガンドのみのファイルに編集すればよい。

“HIC-Up”からの入手

1. “HIC-Up”Topページ左のサブパネルに表示されている“General”・“Search HIC-Up”をクリック。
   ⇒ “HIC-Up - Google Search !”が表示。
   
2. “Text to search for: ”欄にキーワード(リガンド名)を入力後、“Google Search !”をクリック。
   ⇒ 検索結果が表示。
   
3. 検索結果から適切なものを選択し、クリック。
   ⇒ リガンドに関する詳細が表示される。
   
4. “Coordinates”から、“PDB file”もしくは“Clean PDB file”をクリックし、ダウンロードする。
   

“Protein Data Bank”からの入手〜編集

1. 目的のリガンドを含むpdbファイルを通常の手順で、ダウンロード。
   
2. リガンド以外の情報を削除する(text ファイルとして編集可)。
   ＊下の例の様にリガンドの“ATOM”行のみに編集。“TER”“END”行は残す。
   

ATOM   1213 FE   LIG A1001       7.178   4.824  -1.247  1.00 10.99      A   FE
ATOM   1214  CHA LIG A1001       4.704   2.531  -0.555  1.00 17.17      A    C
…(中略)…
ATOM   1254  O1D LIG A1001       0.490   2.024   0.433  1.00 32.26      A    O
ATOM   1255  O2D LIG A1001      -1.245   3.250  -0.079  1.00 27.17      A    O
TER    1256      LIG A1001
END

　X-Ligandを実行するには、以下、3つのファイルが必要である。

• 精密化中の蛋白質分子の構造ファイル(pdb or msf 形式)
  
• 精密化で用いている電子密度ファイル(map or mbk 形式)
  
• 入手したリガンド分子の構造ファイル(pdb形式)
  

　それぞれ、以下の手順で読み込む。

蛋白質分子の構造ファイル
　ファイル形式に合わせた通常の手順、つまりpdb形式なら“Import single structure”、 msf形式なら“Open”で良い。

電子密度ファイル
　ファイル形式に合わせた通常の手順、つまりmap形式なら“Import”、 mbk形式なら“Add a map”で良い。
　なお、電子密度ファイルは、リガンドの電子密度が正しく表示されるものであれば良い(2fo-fc map, fo-fc map、など)。

リガンド分子の構造ファイル
　リガンド分子のpdbファイルも、蛋白質のpdbファイル同様、“Import single structure”によりmsf形式に変換するが、追加作業がある。

1. “QUANTA”メニュー“File”から“Import single structure” を選択。
   ⇒ “Select File to Import”が表示。
   
2. リガンド分子のpdbファイルを選択し、“Import”をクリック。
   ＊ここまでは通常の蛋白質分子のpdbファイルの“Import”手順と同じ。以降の手順が追加される。
   ⇒ リガンド分子の選択画面が表示される(図4.1.1)。
   
3. 適切なもの(類似したタイプの高分子)を選択し“OK”。
   ⇒ 結晶系入力に関する確認画面が表示(図4.1.2)
   
4. “NO”をクリック。
   ⇒ 画面表示する分子モデルの確認画面が表示(図4.1.3)
   
5. “Add this to your previous selection”を選択し“OK”。
   ⇒“QUANTA”画面に蛋白質に加え、リガンドの分子モデルが表示される(図4.1.4)。
   　“Molecule Management”には蛋白質及びリガンドのファイルが表示。

　以上でX-Ligand実行の準備が整う。
　なお、構造ファイルを読み込んだ時点では、リガンド分子が本来位置すべき場所とは、全く異なる場所に表示される(図4.1.4)。
　この位置のずれを、X-Ligandで修正し、正しい配置の分子モデルを作成する。