構造精密化の過程では、電子密度を1.0〜2.0シグマ程度で表示すると見やすいことが多いが、状況に応じてシグマレベルの設定を変える良い。
例えば、図1.4.6(a)の様に、1.0シグマ表示では、確認することができなかった側鎖全体の電子密度を、0.8シグマ表示(b)では確認することができる。
逆に、2.0シグマ表示(c)では、曖昧だった側鎖の電子密度とモデルとのズレを、2.5シグマ表示(d)で確認することができる。
簡単に言えば、精密化しやすいレベルで電子密度を表示すれば良い。
QUANTAでは、CNXによるmap形式の電子密度ファイルをmbk形式に変換する必要がある。
手順は以下の通り。
以上で、mapファイルが、QUANTAで使用可能なmbkファイルに変換される。
*作成されたmsfファイルは作業フォルダに保存されている。
引き続き、次のシグマレベルの設定を行う。
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電子密度ファイルを読み込むと、“Define Contour Levels and Characteristics”が表示される(図1.4.5)。
このパレットでシグマレベルを設定する。
レベル自動設定
なお、電子密度は以上の操作では“QUANTA”画面に表示されていない。
任意のレベル設定
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例えば、図1.4.6(a)の様に、1.0シグマ表示では、確認することができなかった側鎖全体の電子密度を、0.8シグマ表示(b)では確認することができる。
逆に、2.0シグマ表示(c)では、曖昧だった側鎖の電子密度とモデルとのズレを、2.5シグマ表示(d)で確認することができる。
簡単に言えば、精密化しやすいレベルで電子密度を表示すれば良い。
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