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水分子の精密化

X-Buildによる精密化

　X-Solvateを終了すると、水分子もX-Buildで操作できるようになる。
　なお、基本的な修正作業は、「“Build Atoms”～アミノ酸残基毎の修正～」と同じ。

  1. X-Buildを起動
  2. “Pointer”パレット“Place by atom”をクリック。
    ⇒“Goto atom by name”(図3.2.1左)が表示。
  3. 以下を入力し、“OK”。
    Segment name： W (水分子のセグメント名)
    Sequence ID： 目的の水分子の番号
    Atom name： O (酸素)
    ⇒目的の水分子へポインターが移動(図3.2.1右)。
(図3.2.1) “Place by atom”・水分子の表示
  1. 必要に応じて“Refine 1 residue”での修正、“Delete residue”による削除を実施。
  2. 2.～4.の作業を全水分子について繰り返す。
    ＊“Structures / Do all...”を用いると一度に全水分子の“Refine 1 residue”の実行が可能。
  3. X-Buildでの終了手順に従って、ファイルの保存、X-Build終了。
　なお、挿入した水分子が正しいかどうかは、水分子を加えた分子モデルの精密化(CNXなど)を行い、新たに作製した電子密度を基に判断する。

水分子の確認

　水分子を加えたモデルに基づいて新たに電子密度マップを作成すると、挿入した水分子周辺の電子密度は2fo-fcマップのみとなる(fo-fcマップは消える)。
　挿入した水分子が正しいものであれば、水分子周辺に新規2fo-fcマップが適切な形、大きさで表示されている(図3.2.1)。
　しかし、挿入した水分子周辺に2fo-fcマップが存在しなければ、測定誤差と考えられるので削除する。

　なお、分子モデルの精密化を繰り返すと、挿入した水分子の周辺の徐々に電子密度が消えていくことがある(図3.2.2)。
　この場合もやはり測定誤差と考えられるため、この水分子はモデルから削除する。


(図3.2.2) 電子密度(2fo-fc map：1シグマ表示)の変化①
(a) 水分子挿入時　(b) 精密化を4回繰り返した後
(c) さらに精密化2回後→削除

　X-Solvateの回を重ねるにつれ探索されるピーク数が減少していくが、その一方で、それまで見えていなかった電子密度が現れ始める(図3.2.3a)。
　こうしたピークに水分子を挿入し、精密化後、2fo-fo mapがはっきり確認できれば(図3.2.3b)、水分子の電子密度と考えられる。
　＊もちろん電子密度が確認できなければ削除。


(図3.2.3) 電子密度(2fo-fc map：1シグマ表示)の変化②
(a) 水分子挿入時　(b) 精密化後

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